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지방자치제도의 본질적 보장내용은 자치단체의 존속보장, 자치사무의 보장, 자치기능의 보장으로 구성된다. 이러한 3가지 요소는 지방자치제도가 기능하기 위한 필수적인 요건이다.

자치단체의 존속보장은 개별 지방자치단체의 존속을 보호하는 것이 아니라 국가구조 내에서 지방자치단체라는 행정유형이 제도적으로 존속해야 한다는 것을 보장한다. 따라서 지방자치단체간의 통·폐합이나 구역변경을 통해 새롭게 구역을 확정하는 경우에는 당사자인 지방자치단체에게 사전적 청문의 기회를 부여하는 것으로 족하다.

자치사무의 보장은 지역적 사무에 관할 원칙적인 관할권(전권능성)의 보장을 의미한다. 헌법 제117조 제1항에서 “지방자치단체는 주민의 복리에 관한 사무를 처리하고”라고 하여, 관할배분규범으로서 ‘주민의 복리에 관한 사무’를 지방자치단체의 사무로 귀속시키고 있다. 여기서 ‘지역적 사무’란 지역공동체에 뿌리를 두고 그 효력이 미치는 범위가 본질적으로 지역공동체에 국한되며 지역주민의 공동생활과 밀접하게 관련되는 사무를 말하며, 헌법재판소는 지방선거사무를 자치사무로 판단한 바 있다.

자치기능의 보장이란 자치사무의 이행에 있어서 자기책임성의 보장을 의미하며, 여기서 자기책임성이란 지방자치단체가 국가의 간섭과 지시를 받지 않고 자치사무를 자기책임 하에서 처리할 수 있는 권한을 말한다. 자치기능의 보장은 헌법 제117조 제1항에 명시적으로 표현되어 있지 않지만 ‘자치사무’의 헌법적 보장은 필연적으로 ’자치사무의 자주적 이행‘의 보장을 함께 요청한다. 지방자치행정도 국가행정의 일부이므로 자치행정에 대한 국가의 감독은 불가피하나 그 감독은 합법성에 대한 감독에 제한되며 자치사무는 합목적성에 관한 지시로부터는 자유로워야 한다. 그러나 헌법재판소는 감사원의 지방자치단체에 대한 합목적성 감사는 허용되며 지방자치권의 본질적 내용을 침해하였다고는 볼 수 없다고 판시한바 있다.